Service d’identification rapide de leads de grande qualité grâce à la chimie médicinale
L’unité de chimie médicinale d’Oncodesign Services collabore étroitement avec les départements responsables du criblage in vitro, de la preuve de concept in vivo, des études DMPK et du développement bioanalytique pour générer des hits, leads et candidats-médicaments de grande qualité dans des temps très courts.
Les principes de fonctionnement de notre service de chimie médicinale
Au sein de notre département de chimie médicinale, les programmes de drug discovery supposent d’intégrer en permanence les feedbacks, d’où le mode de fonctionnement agile et flexible adopté par Oncodesign Services pour être en capacité de répondre aux nouveaux développements.
Pour progresser efficacement, le programme doit être géré au quotidien par des équipes interdisciplinaires, ainsi Oncodesign Services fait preuve de réactivité pour vous communiquer rapidement les informations nécessaires.
Les programmes de drug discovery doivent diversifier leurs efforts pour s’assurer une protection intellectuelle plus robuste, ce qui motive Oncodesign Services à miser sur la créativité pour générer des molécules réellement originales.
Oncodesign Services propose des services d’identification des hits, de production et optimisation de lead et de développement préclinique pour vos programmes de recherche. Découvrez les solutions intégrées que nous pouvons vous proposer via le réseau DRIVE-SM. Nous mettons en œuvre des approches chimiques diversifiées et travaillons avec toutes les classes de molécules, mais notre expérience la plus pointue concerne les domaines suivants :
- Inhibiteurs de kinases
- Chimie hétérocyclique
- Agents d’imagerie et de théranostique (chimie fondée sur les chélates, radiochimie)
- Dégradation ciblée de protéines, notamment les chimères PROTAC et les colles moléculaires
Afin de vous aider à générer leads et des candidats à partir des hits, notre département de chimie médicinale a recours aux approches suivantes :
- Conception selon une approche structurale/fondée sur les ligands
- Optimisation physico-chimique de leads
- Criblage de fragments
Présentation détaillée de la drug discovery assistée par ordinateurs (CADD – Computer Assisted Drug Discovery) en chimie médicinale
La mission de notre équipe de chimie informatique est d’accélérer vos activités de découverte de médicaments. Elle est donc intégrée à votre équipe de projet et travaille en étroite collaboration avec notre personnel de chimie médicale. L’équipe CADD peut réaliser les tâches suivantes, soit de manière autonome, soit en partenariat avec le consortium DRIVE-SM :
1
Analyse des cibles et identification de sites de liaison
À partir d’une structure de protéine en 3D, nous vous aidons à identifier le site de liaison effectif et le mode de liaison entre le ligand et la protéine. Si la structure de la protéine n’a pas été obtenue par cristallographie en rayons X, nous recourons à la puissance de l’IA (Intelligence Artificielle) et à des prédictions AlphaFold pour repérer un site de liaison potentiel.
2
Analyse du mode d’ancrage et de liaison
Sur la base de 6 scores différents implémentés dans notre logiciel MOE, nous parvenons aisément à l’identifier si votre ligand s’ancre au site de liaison, de même que les modalités de cette liaison. En fonction de votre problématique, nous pouvons faire appel à différentes approches : libre ou fondée sur un pharmacophore ou une liaison covalente.
3
Criblage virtuel
En prenant en compte de la forme, les pharmacophores, les activités et les propriétés prédites (propriétés physico-chimiques, toxicité, score d’accessibilité de la synthèse, etc.), nous vous aidons à passer rapidement au crible des bibliothèques chimiques (privées et commerciales) à la recherche de hits. Nous sommes également en mesure de générer des composés selon une approche in silico par l’association de bibliothèques chimiques.
4
Analyse des relations structure-activité (SAR) et optimisation de leads
Pour aider vos équipes de chimistes, nous pouvons analyser vos propres données et exploiter d’autres bibliothèques en réalisant, notamment, une analyse des espaces chimiques et des groupes R. Nous pouvons également suggérer des modifications, par exemple un remplacement de fonctionnalité moléculaire ou une approche Free-Wilson.
À partir d’une structure de protéine en 3D, nous vous aidons à identifier le site de liaison effectif et le mode de liaison entre le ligand et la protéine. Si la structure de la protéine n’a pas été obtenue par cristallographie en rayons X, nous recourons à la puissance de l’IA (Intelligence Artificielle) et à des prédictions AlphaFold pour repérer un site de liaison potentiel.
Sur la base de 6 scores différents implémentés dans notre logiciel MOE, nous parvenons aisément à l’identifier si votre ligand s’ancre au site de liaison, de même que les modalités de cette liaison. En fonction de votre problématique, nous pouvons faire appel à différentes approches : libre ou fondée sur un pharmacophore ou une liaison covalente.
En prenant en compte de la forme, les pharmacophores, les activités et les propriétés prédites (propriétés physico-chimiques, toxicité, score d’accessibilité de la synthèse, etc.), nous vous aidons à passer rapidement au crible des bibliothèques chimiques (privées et commerciales) à la recherche de hits. Nous sommes également en mesure de générer des composés selon une approche in silico par l’association de bibliothèques chimiques.
Pour aider vos équipes de chimistes, nous pouvons analyser vos propres données et exploiter d’autres bibliothèques en réalisant, notamment, une analyse des espaces chimiques et des groupes R. Nous pouvons également suggérer des modifications, par exemple un remplacement de fonctionnalité moléculaire ou une approche Free-Wilson.
Image : La méthodologie AlphaShapes est utilisée en chimie médicinale pour rechercher l’emplacement de liaison potentiel. Les atomes factices (rouge et blanc) le représentent et sont bien placés dans la surface du récepteur (en jaune)
Equipements
- LC/DAD-MS en libre accès
- Installations HPLC chirale
- Systèmes d’autopurification dirigés en masse (LC/MS semi-préparatifs)
- Systèmes de chromatographie flash
Technologies spécifiques
- Micro-ondes Chimie
- Chimie en flux
- Réactions de catalyse photorédox
- Chromatographie flash de paillasse semi-automatisée
Chimie Organique Synthétique
- Synthèse multi-étapes
- Synthèse parallèle
- Bibliothèques ciblées
- Synthèse asymétrique
- Du mg au multigramme Synthèse
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