SOLO Microbiome - étude du rôle du microbiome | Oncodesign

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Progresser dans la compréhension du microbiome

 

Au cours de la dernière décennie, la recherche a révélé que le microbiome humain (dominé par des bactéries) joue un rôle important dans la santé humaine ainsi que dans le traitement de maladies humaines.

Si le lien de causalité n’a pas toujours été établi, un déséquilibre de la flore intestinale ou dysbiose a été signalé dans de multiples pathologies, dont des maladies gastrointestinales et dermiques, des troubles métaboliques, des pathologies du système nerveux central et certains cancers. En outre, on a pu mettre en évidence l’influence du microbiome sur l’efficacité d’immunothérapies et d’agents de chimiothérapie ainsi que sur la métabolisation de médicaments.

À l’heure actuelle, il s’avère essentiel de comprendre et d’évaluer le rôle du microbiome dans le cadre de la découverte et du développement de nouvelles molécules thérapeutiques. Le microbiome est clairement un acteur clef dans le processus de développement de médicaments.

Oncodesign Services a développé une expérience et des compétences translationnelles dans ce domaine en plein essor, au service des nouveaux besoins des programmes de R&D en oncologie, immuno-oncologie, pathologies inflammatoires, maladies infectieuses (dont le Covid-19), dermocosmétique et nutrition.

 

Liste non exhaustive des pathologies liées aux troubles du microbiome

Un large panel d’offres de services distinctes et diversifiées

Grâce à ses installations, son environnement et ses collaborations/réseaux, Oncodesign Services peut travailler avec des échantillons précliniques et cliniques (environnement conforme aux BPL/BPLC pour la bioanalyse) et manipuler des microorganismes vivants (laboratoires certifiés P2, P3 et OGM2).

Modèles et Standards:

Oncodesign Services propose des outils adaptés pour mimer des situations saines et pathologiques, étudier les interactions avec le système immunitaire à des fins de dépistage et de preuve de concept:

  • Approches expérimentales
    • Co-cultures in vitro 2D & 3D
    • SPF/SOPF, animaux sans germes ou avec un microbiote personnalisé
    • Spécimen biologique humain
  • Phénotypage immunitaire
    • Profil de cytokines
    • Infiltrat immunitaire
  • Biomarqueurs
    • Perméabilité intestinale (par exemple zonuline)
    • Inflammation (par exemple calprotectine, lipocaline-2)
    • Métabolites (par exemple acides gras à chaîne courte)

 

Méthodes et analyses pour les études du microbiome

Oncodesign Services propose une large gamme d’approches technologiques pour la culture, la détection, l’identification et la localisation de micro-organismes (bactéries, levures, etc.) dans des échantillons simples ou complexes (fluides, tissus) issus d’études précliniques ou d’essais cliniques.

  • Culture / Formulation
    • Culture de bactéries et levures aérobies ou anaérobies
    • Préparation de souche unique ou consortium (avec contrôle qualité des lots)
    • Manipulation de microbes sauvages, modifiés ou dérivés
    • Formulation de produits surgelés, lyophilisés, pasteurisés
  • Détection
    • Comptage des UFC
    • qPCR couplée ou non au PMA
  • Identification
    • Spectrométrie de masse
    • qPCR/dPCR
    • Séquençage du gène de l’ARNr 16S
    • Séquençage des fusils de chasse
    • Phylopeptidomique
  • Localisation
    • Imagerie
    • Culture ex vivo

Prendre en compte le microbiome dans les projets de drug discovery

 

Plusieurs sujets d’intérêt ont émergé de la recherche sur le microbiome, conduisant à :

  • Étudier la relation entre la composition du microbiome et la maladie ciblée
  • Définir le rôle du microbiome dans le cadre des diagnostics de précision et des traitements personnalisés
  • Développer et évaluer des thérapies du microbiome
  • Comprendre l’impact d’un médicament sur le microbiome et l’influence de celui-ci sur la réponse individuelle d’une personne à un médicament.

Oncodesign Services a développé une offre exhaustive qui permet à nos clients d’accéder à des réseaux, plateformes et expertises technologiques et scientifiques à l’appui de leurs projets, notamment pour démontrer le bénéfice sur la santé, évaluer la sécurité et/ou déchiffrer le(s) mécanisme(s) d’action de thérapies basées sur le microbiome ou de médicaments non-microbiens.

Études de cas autour du microbiome

Notre équipe multidisciplinaire conçoit des études sur mesure pour évaluer des thérapies basées sur le microbiome et des interactions médicament-microbiome.

 

Découvrez ci-dessous quelques exemples d’expériences menées par Oncodesign Services autour du microbiome :

  • Dans quelle mesure un traitement par des agents de chimiothérapie influe-t-il sur la composition du microbiote intestinal ?
  • Des bactéries peuvent-elles améliorer l’efficacité d’un inhibiteur du checkpoint immunitaire chez des souris « avatar » ?
  • Un produit biothérapeutique vivant pourrait-il moduler les réponses immunitaires au niveau du tissu intestinal ou du microenvironnement tumoral ?
  • Une colite induite peut-elle être traitée avec une transplantation de microbiote fécal ?
  • La dermatite atopique pourrait-elle être soulagée en utilisant une souche unique ?
  • Utilisation de la qPCR/dPCR avec du monoazide de propidium (PMA) comme un outil précieux pour quantifier les bactéries vivantes au sein d’échantillons cliniques (fèces, frottis cutanés).
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Un spécialiste en analyses du microbiome.

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Un expert en microbiologie

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Medicen

Un centre d’innovation santé agissant en tant que coordinateur du Microbiome Drug Metabolism Working Group (membres : groupes universitaires nationaux et internationaux, sociétés pharmaceutiques et de biotechnologie, CRO, Affaires règlementaires).

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